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De acuerdo con lo previsto en los artículos 2 y 3 del Decreto 2627 de 1993, la Sala señaló que, "si bien la institución beneficiada por el legislador tiene el derecho a la devolución del IVA, para ello le impone unas obligaciones, a saber: liquidar bimestralmente el impuesto pagado y presentar la solicitud de devolución correspondiente en el plazo fijado en el reglamento". En este entendido, la Corporación indicó que la solicitud formulada por la Universidad Pedagógica y Tecnológica de Colombia "comprende únicamente el impuesto pagado en el bimestre a que se refiere la solicitud presentada en tiempo, puesto que, respecto del IVA de los periodos anteriores, la institución debió presentar tanto la liquidación del impuesto pagado como la solicitud de devolución correspondientes".

Por tal razón, "en el caso, si la demandante, el 31 de julio de 2006, presentó la solicitud de devolución del IVA pagado en el tercer bimestre de 2006, como expresamente lo señala el formato de la solicitud y la relación del tributo pagado adjunta, el impuesto que la Administración está obligada a devolver es únicamente el pagado en ese periodo". De otra parte, el Alto Tribunal observó que "de las facturas rechazadas por la Administración, con fundamento en que el impuesto fue pagado en bimestres anteriores, la única que fue cuestionada por la UPTC fue la Factura N.10, que según la relación inserta en el memorando explicativo de la Resolución N.6080080 del 11 de septiembre de 2006, fue pagada el 31 de mayo de 2006, hecho aceptado por la Administración, por lo que la Sala ordenará la devolución de los $678.400 pagados por concepto de IVA en el tercer bimestre de 2006".

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